W styczniu 2006 r. zmieniła profil działalności rozpoczynając handel i produkcję w sektorze paliwowym. Średnioterminowym celem strategicznym spółki było uzyskanie i utrzymanie pozycji lidera w produkcji i sprzedaży biopaliw w Polsce. Na przestrzeni 2006 i 2007 r. przedmiotem obrotu spółki były również paliwa konwencjonalne, takie jak olej napędowy i benzyny silnikowe. W ramach realizacji powyższych celów SKOTAN S.A. rozpoczął inwestycję budowy instalacji do produkcji biokomponentów jakimi są estry metylowe kwasów tłuszczowych (FAME). Pomimo pełnego zaangażowania w realizację projektu i celów wyznaczonych w 2006 r. z uwagi na niekorzystne dla producentów biopaliw zmiany w przepisach akcyzowych w 2007 r. oraz przedłużający się okres braku środowiska prawnego dla rozwoju i prowadzenia rentownej działalności w zakresie produkcji i dystrybucji biopaliw, w lipcu 2009 r. Walne Zgromadzenie spółki zadecydowało o zmianie strategii spółki i odstąpieniu od realizacji celów spółki w zakresie biopaliw I generacji.

Skotan Pharma skupia się na nowych rozwiązaniach z dziedziny suplementacji ludzi. Produkty zawierające kompleks ultraczystych, wysoce skoncentrowanych kwasów Omega – 3, – 6, – 9 zawierających oryginalną formę kwasów tłuszczowych z grupy omega w postaci estrów etylowych, które zapewniają znakomitą biodostępność i wysoką bioretencję w organizmie człowieka. Portfolio SKOTAN Pharma podlega ciągłemu poszerzeniu, tak aby sprostać wymaganiom rynku oraz potrzebom pojedynczych klientów.

Skotan Animal skupia się na nowych rozwiązaniach z dziedziny dietetyki i żywienia zwierząt. Preparaty weterynaryjne dla zwierząt marki SKOTAN Animal to podukty na bazie unikatowego szczepu drożdży Yarrowia lipolytica, a także wyjątkowe kompozycji estrów kwasów tłuszczowych. To gwarancja wysokiej biodostępności i przyswajalności wszystkich składników odżywczych i mineralnych. Portfolio SKOTAN Animal podlega ciągłemu poszerzeniu, tak aby sprostać wymaganiom rynku oraz potrzebom pojedynczych klientów.

Skotan Agro skupia się na nowych rozwiązaniach z dziedziny bioremediacji gruntów skażonych węglowodorami w którym dla dobra przyrody nauka łączy się z biznesem. Preparaty bazują na unikalnej aktywności drożdży z gatunku Yarrowia lipolytica. Portfolio SKOTAN Agro podlega ciągłemu poszerzeniu, tak aby sprostać wymaganiom rynku oraz potrzebom pojedynczych klientów.