W styczniu 2006 r. zmieniła profil działalności rozpoczynając handel i produkcję w sektorze paliwowym. Średnioterminowym celem strategicznym spółki było uzyskanie i utrzymanie pozycji lidera w produkcji i sprzedaży biopaliw w Polsce. Na przestrzeni 2006 i 2007 r. przedmiotem obrotu spółki były również paliwa konwencjonalne, takie jak olej napędowy i benzyny silnikowe. W ramach realizacji powyższych celów SKOTAN S.A. rozpoczął inwestycję budowy instalacji do produkcji biokomponentów jakimi są estry metylowe kwasów tłuszczowych (FAME). Pomimo pełnego zaangażowania w realizację projektu i celów wyznaczonych w 2006 r. z uwagi na niekorzystne dla producentów biopaliw zmiany w przepisach akcyzowych w 2007 r. oraz przedłużający się okres braku środowiska prawnego dla rozwoju i prowadzenia rentownej działalności w zakresie produkcji i dystrybucji biopaliw, w lipcu 2009 r. Walne Zgromadzenie spółki zadecydowało o zmianie strategii spółki i odstąpieniu od realizacji celów spółki w zakresie biopaliw I generacji.

Skotan Pharma skupia się na nowych rozwiązaniach z dziedziny suplementacji ludzi. Produkty zawierające kompleks ultraczystych, wysoce skoncentrowanych kwasów omega- 3, 6, 9 zawierających oryginalną formę kwasów tłuszczowych z grupy omega w postaci estrów etylowych, które zapewniają znakomitą biodostępność i wysoką bioretencję w organizmie człowieka. Portfolio SKOTAN Pharma podlega ciągłemu poszerzeniu, tak aby sprostać wymaganiom rynku oraz potrzebom pojedynczych klientów.

Skotan Animal skupia się na nowych rozwiązaniach z dziedziny dietetyki i żywienia zwierząt. Preparaty weterynaryjne dla zwierząt marki SKOTAN Animal to podukty na bazie unikatowego szczepu drożdży Yarrowia lipolytica, a także wyjątkowe kompozycji estrów kwasów tłuszczowych. To gwarancja wysokiej biodostępności i przyswajalności wszystkich składników odżywczych i mineralnych. Portfolio SKOTAN Animal podlega ciągłemu poszerzeniu, tak aby sprostać wymaganiom rynku oraz potrzebom pojedynczych klientów.

Skotan Agro skupia się na nowych rozwiązaniach z dziedziny bioremediacji gruntów skażonych węglowodorami w którym dla dobra przyrody nauka łączy się z biznesem. Preparaty bazują na unikalnej aktywności drożdży z gatunku Yarrowia lipolytica. Portfolio SKOTAN Agro podlega ciągłemu poszerzeniu, tak aby sprostać wymaganiom rynku oraz potrzebom pojedynczych klientów.

Dominującym obszarem działalności handlowej Spółki pozostaje rynek krajowy. Spółka stale rozwija działalność eksportową, a wytwarzane produkty są bezpośrednio dostępne w krajach Europy Zachodniej, Wielkiej Brytanii oraz w Stanach Zjednoczonych.